Основными противниками в данной игре (не считая людей) являются мутанты — существа, происходящие от представителей городской фауны под воздействием радиации, химического и биологического оружия. Всего 15 видов:

Чёрные — существа, использующие психоатаку и гравитацию. Встречаются на протяжении всей игры, но убить одного из них можно только в самом конце игры. Угрозы для персонажа не представляют, кроме случая в концовке, где нужно убить чёрного.

Орложуки — похожи на упырей, имеют панцирь и светящиеся глаза, ходят на двух ногах. Боятся света. Встречаются один раз, в части «Пещера». Представляют большую угрозу. Эффективное оружие: Калаш 2012.

Упыри — напоминают кротов, могут совершать мощные прыжки на дальние расстояния. Эффективное оружие: любые дробовики, револьвер.

Упыри-альбиносы — упыри белого цвета, с высоким лбом. Встречаются на уровнях «Призраки» и «Аномалия».

Носачи — с длинным носом, без шерсти, бьют звуковыми волнами, летают. Встречаются на уровнях «Депо» и «Павелецкая».

Кикиморы — мутировавшие крысы, быстрые и ловкие монстры, живущие в норах. Нападают только если герой один. Эффективное оружие: ВСВ

Стражи — выглядят, как покрытые тёмно-серой шерстью кикиморы. Встречаются на поверхности. Эффективное оружие: любые дробовики.

Библиотекари — похожие на горилл монстры. Очень опасный монстр, который крайне силён и чрезвычайно живуч. Когда герой смотрит ему в глаза и потихоньку двигается, то мутант не нападает, а если главный герой первый атакует его или повернулся к нему спиной и убегает, то библиотекарь сразу переходит в нападение. Эффективное оружие: Хельсинг, рельса и автодробовик.

Демоны — крылатые монстры, обитающие только на поверхности, самый опасный монстр в игре. Может схватить героя и унести в небо. Возможно, мутировавшие летучие мыши.

Лианы — свисающие с потолка живые растения, сильно бьющие, отдаленно похожи на барнаклов из серии Half-life. Встречаются в библиотеке. Убить невозможно, но можно заставить их скрутиться выстрелом в лиану. Эффективное оружие: Револьвер, ВСВ.

Амёбы — живые гранаты в форме шаров, испускающие волны кислоты. Эффективное оружие: Калаш, Калаш 2012, ВСВ, дробовики. Встречаются на уровне «Д6».

Аномалия — шаровая молния — организм. Встречается пару раз за игру. Если стоять не двигаясь, угрозы для жизни не представляет.

Призраки — духи людей, невидимы без фонаря, при контакте с призраком человек погибает. Если не касаться их, не представляют никакой угрозы.

Грибы — зелёные грибы, испускающие радиацию. Если не наступать на них, угрозы не представляют.

Биомасса — организм, использующий щупальца и радиоактивную жидкость. Встречается в одноимённой части игры.