Предыстория

С того дня, как Артём, наведя ракеты, уничтожил улей «Чёрных», прошло около года, и на поверхности наступила весна. Отряд «Спарта» переехал в Д6. Хан, тайком пробравшись туда и оказавшись рядом с Артёмом, сообщает ему, что сумел всё-таки обнаружить ещё одного Чёрного, ещё детёныша, и, полагая, что действия Артёма глубоко ошибочны, призывает Артёма спасти того. Но у Мельника на этот счёт своё мнение — он арестовывает Хана, не веря ему, отправляет вместе с Артёмом свою дочь Анну и приказывает им уничтожить «Чёрного». Когда им удаётся обнаружить его, тот вызывает у Артёма галлюцинации (воспоминания) — на время, достаточное, чтобы обоих обнаружили и взяли в плен солдаты Рейха. Анна же, струсив, оставляет напарника.

Побег и поиски Чёрного

В плену Артёму вместе с пленником, разведчиком с Красной Линии по имени Павел Морозов, удаётся уничтожить часть стражи и убежать, попутно узнав, что «чёрный» в руках Рейха. На «Театральной» Павел, оказавшийся майором, сдаёт Артёма генералу красных Корбуту, на которого работает Лесницкий — бывший боец Ордена («Спарта»), оказавшийся красным шпионом. От красных Артёму помогает сбежать Леонид Москвин — сын генерального секретаря Москвина, не разделяющий жестокость отца. По пути Артём узнаёт о намерении красных захватить всё метро с помощью подготовленной армии и оружия, хранящегося на складах Д6. По пути, Артём встречает Андрея «Мастера»,который даёт ему моторизованную бронедрезину "Регину", на которой тот сквозь заброшенные туннели доезжает до «Третьяковской» (называемой Венецией из-за затопления большей части станции), а оттуда добирается до «Октябрьской», так как знает, что Павел направляется туда. На «Третьяковской» он едва не ловит Павла на складе "Третьяковской", но тому удаётся сбежать. На помощь приходит старый знакомый Артёма с "Третьяковской" - Семён, он даёт Артёму бронекостюм и объясняет как добраться до форпоста спарты.

Идя к «Октябрьской» по заболоченной поверхности, Артём в конце концов приходит к старому форпосту Спарты разместившемуся в Храме Христа Спасителя, где его с рейнджерами ждёт Анна, но пришедший Лесницкий и красные убивают всех и забирают Анну в заложники. Попав через древние церковные катакомбы на «Октябрьскую», Артём видит, что красные, заразив станцию вирусом, под предлогом карантина уничтожают её население. Там Артём спасает Анну, но Лесницкий вновь скрывается. Успешно пройдя карантин Ганзы, Артём вновь встречается с Ханом, после чего отправляется с ним искать чёрного.

При помощи мистической «Реки Судьбы» Артём и Хан оказываются в нужное время и в нужном месте, чтобы успеть перехватить поезд с Чёрным. В итоге поезд взрывается, к счастью Артём и Чёрный выжили в крушении поезда, отделавшись небольшим испугом.

Далее, Чёрный показывает Артёму, что тот ошибался, позволив разрушить городище чёрных в 2033-м году. После этого Артём отправляется вместе с Чёрным в поход по поверхности, во время которого Чёрный помогает Артёму своими телепатическими и гипнотическими способностями, достаёт ему полезные вещи и пытается постичь мир людей.

Оборона D-6

На поверхности Артём вновь пересекается с Лесницким, видя при помощи телепатии Чёрного его намерения — уничтожить Спарту на Д6 с помощью боевого вируса, испытанного на Октябрьской, — после чего игроку даётся выбор: убить Лесницкого ударом ножа или оглушить. Затем Артём спешит в Кремль, чтобы как можно скорее передать новости своим. На Красной площади Артём попадает в устроенную Павлом засаду, но отбивается и в итоге добирается до предателя. Здесь игроку опять предоставляется выбор — убить его или пощадить. Второй вариант, как и в прошлом случае, даёт бонус к хорошей концовке.

В Полисе Чёрный показывает Артёму и Хану, что за одной из запертых дверей Д6 спят ещё чёрные, — детёныш не последний из них. В Полисе, во время проведения переговоров между Рейхом, Ганзой, Орденом и Красной Линией, Мельник, Хан, Артём и Чёрный, принявший форму ребёнка в плаще.

Рассказавший о прошлом Москвин(выступающий с заверениями о мире и дружбе), под действием разума Чёрного, уличается во лжи, и рассказывает о намерении Корбута захватить Д-6. Артём видит, что и Москвин лишь пешка в игре «серого кардинала», генерала Чеслава Андреевича Корбута.

Поскольку красные уже собираются брать Д6 штурмом, Полис немедленно отправляет туда лучших людей. В Д6 Артём, Хан, Мельник, Ульман и воины «Спарты» принимают последний бой. Мельник говорит Артёму, что комплекс заминирован и в случае чего достаточно повернуть рубильник.

Начинается оборона комплекса Д-6. После продолжительной атаки Красных, Спартанцы отстояли Д-6, но... внезапно на платформу, прямо на последний рубеж обороны, и в этот момент, влетает бронепоезд Красных. Артём теряет сознание...

Очнувшись, он видит, что Мельнику оторвало ноги, а вокруг красные во главе с генералом Корбутом.

Корбут подойдя к Мельнику, и торжественно оглядывает его, полковник Мельник говорит Артёму про пульт подрыва, о том, что время пришло. Пока ни о чём не догадывающийся Корбут, не торопясь подходит к Артёму, тот подползает к пульту и кладёт руку на рубильник.

Концовки

Плохая

Артём, понимая неизбежное, поворачивает рубильник и закрывает глаза. В последние секунды своей жизни он видит, как проходит через стоящий навытяжку строй бойцов Спарты, в едином порыве вскинувших руки к шлемам в знак почёта. В конце строя — Бурбон, Мельник, Хан, Ульман и… Хантер. А дальше, в конце тоннеля, — только ослепительный свет. В то же время перед глазами Артёма проносятся самые памятные мгновения жизни — Аня, поход в детстве на поверхность, последняя поездка в метро и слова матери в Ботаническом саду:

«             Не бойся… Ничего не бойся, мой милый…       »

Взрыв уничтожает Д6, захваченное красными. …Проходит несколько лет. Анна рассказывает сыну о подвиге отца.

«             ...Так твой папа победил врагов и спас метро.

— Папа был храбрый?

— Он был самый храбрый. Потому что не боялся неизвестного.

— Мама, а куда делись Чёрные?

— Они ушли, но обещали вернуться.

»

Показывается уход Чёрных из метро.

Хорошая

При условии, что игрок помогал мирным жителям, подслушивал разговоры встречающихся персонажей, не убивал людей и мутантов, когда можно было обойтись без этого, и пощадил Павла и Лесницкого, в последний момент Чёрный, приведший подмогу, останавливает Артёма:

«             Артём, уже не нужно… »

Чёрные побеждают коммунистов. Артём рассказывает о последующих событиях:

«             Ульман погиб… как и большинство спартанцев.

Мельник выжил и теперь возрождает охрану Полиса с кресла-каталки.

А Хан — просто исчез.

Как-то он сказал мне: «А что, если этот маленький Чёрный — последний из ангелов, посланных, чтобы спасти нас?" То, что Чёрный вернулся и привёл с собой своих… Может, это и есть помилование. Мне. Ордену. И всем нам, забившимся в Метро. Луч надежды в нашем беспросветном царстве…

»

Чёрные покидают метро. Чёрный, уводя своих, говорит Артёму:

«             Мы уйдем, Артём… Так будет лучше всем… Но наступит день и мы вернёмся. Я уже тоже буду большой. Прощай… ДРУГ.             »

«             Чёрные ушли но я знаю что они вернутся ещё,может мы заслужили прощения.         »

Предпосылки к концовке[править | править исходный текст]

Узнать о том, какая будет концовка, можно в момент отправления из Полиса в Д6. Чёрный произносит фразу:

«             Если вы проиграете, то будет плохо для всех?..            »

Фразу он завершит одним из двух способов, от которых собственно концовка и зависит.

«             Тогда я попрошу их помочь.     »

либо:

«             Тогда я должен спасти своих.  »